Unter der Kirche befindet sich eine Krypta, die als Grabstätte einiger Esterházyscher Bediensteter, Musiker und Verwandter diente.

Als Joseph Haydn am 31. Mai 1809 in Wien gestorben war, wurde er zunächst am Hundshaimer Friedhof begraben. Dies war während der Napoleonischen Besetzung in Wien. Auf Wunsch des Fürsten Nikolaus II wurde der Leichnam am 30. Oktober 1820 nach Eisenstadt überführt und in der Krypta ohne Schädel, den Joseph Karl Rosenbaum und Johann Peter als Anhänger der Gallschen Schädellehre vom Leichnam Haydns getrennt und entführt hatten, bestattet.
 
Bis 1954 blieb dieser Ort die Begräbnisstätte Joseph Haydns.
 
Darüber hinaus sind in der Krypta Mitglieder des Hauses Esterházy, einige ihrer Bediensteten sowie weitere Musiker bestattet. Darunter zu erwähnen sind der aus Pesaro in Italien stammende Lieblingsgeiger des Fürsten Nikolaus II., Alois Tomasini (1741-1808), der hier bestattet liegt - wie ebenfalls der letzte Hofkapellmeister und Schüler Haydns, Johann Nepomuk Fuchs (1766-1839).  Ein einziger Priester ist in der Unterkirche bestattet: 
Joseph Hotze (1772 - 21.12.1809), Benefiziat und als Feldkaplan ein "heroum Tyrolenium".
 
Ein Epitaph beim Aufgang zur Orgelempore erinnert an den Hofkapellmeister Gregor Josef Werner (Vorgänger von Joseph Haydn) .
 
Hinweis: Die Schatzkammer und die Krypta können nur im Rahmen einer Führung besichtigt werden!