Nach der Auflösung des Franziskanerklosters am Berg (1781 bzw. 1787) wurde u.a. auch das Kloster beschlagnahmt. Die Seelsorge beim Kalvarienberg übernahmen  vorübergehend die Franziskaner aus der Stadt.

Da es bisher zwischen dem Schlosspfarrer und den Franziskanern wegen der Gottesdienste und der Betreuung der Wallfahrer Streitigkeiten gegeben hatte, wollte der Fürst eine dauerhafte Lösung erreichen. Außerdem wollte er das beschlagnahmte Kloster wieder in seinen Besitz bekommen.  Schließlich konnte im Jahre 1796 laut Stiftungsbrief vereinbart werden, dass an der Bergkirche eine eigene Pfarre unter Weiterbestand der Schlosspfarre errichtet werde, wobei beide Pfarren in Personalunion vom jeweiligen Propst geleitet werden soll. Den Propst unterstützten drei Kapläne, die wie der Propst vom Fürsten bestellt und auch bezahlt werden sollten. Der Fürst erhielt das Klostergebäude samt Garten zurück. Hier bekamen der Propst und die Kapläne ihre Wohnungen, ebenfalls Lehrer, Organist und Mesner. Ein Teil des Gebäudes diente als Schule, der Großteil des Gebäudes samt Hof wurde zum Gasthof "Zum goldenen Engel".

Nach der Klosteraufhebung waren dem Magistrat der Freistadt Eisenstadt vorübergehend die Paramente, Gerätschaften und die Kirchenschlüssel der sogenannten Franziskanerkirche am Berg (Bergkirche) zur Verwahrung übergeben worden. Im September 1796 wurden diese Fürst Nikolaus II. übergeben. Dadurch war die Errichtung der Doppelpfarre de facto vollzogen und blieb so bis zur Patronatsablöse im Jahr 1967.

Im Zusammenhang mit der damaligen Patronatsablöse endeten die pfarrlichen Rechte und Pflichten der Schlosspfarre.

Die Benefizien zur hl. Radegundis und zum hl. Stephan, die mit der Schlosskirche verbunden waren, werden nun mit dem Pfarrbenefizium zu Maria Heimsuchung (Bergkirche) vereinigt. Die Pfarre hat nun den offiziellen Titel: "Propstei- und Stadtpfarre zu Maria Heimsuchung sowie zum hl. Stephan und zur hl. Radigundis in Eisenstadt-Oberberg".